De-a lungul anilor, tehnicile de dezinfectie chimica au fost folosite pentru a asigura o apa microbiologic "pura". Majoritatea metodelor de tratare chimica sunt un amestec de materiale periculoase si reactii care conduc la obtinerea de produse toxice si schimbari chimice ale fluidului. UV ofera o alternativa non-chimica care a fost pusa in practica cu succes fara nici o urmare negativa. 
Clorul este cea mai cunoscuta alternativa pentru UV. Clorul are dezavantajul ca in combinatie cu substantele organice produce compusi cancerigeni. Atunci cand folosim clor, exista intotdeauna posibilitatea de supradozare. Daca valoarea MAC (Concentratia Maxima Permisa) este atinsa, fluidul devine nociv pentru organismul uman. Clorul este periculos pentru mediu inconjurator si deasemenea este cunoscuta rezistenta unor bacteri la aceasta tratare. 
Dezinfectia cu clorul este o tehnica comuna, bine cunoscuta si foarte multi au incredere cand folosesc clorul, nestiind caror pericole se expun. Dar peste orice argument, tratarea cu clor necesita o investitie mica, ceea ce foarte multe societati considera un important avantaj. 
Ozonul este o alta alternativa pentru UV. Ozonul are de asemenea dezavantajul ca produce compusi cancerigeni mai ales in combinatie cu bromul. Ca rezultat al procesului de dezinfectie apar deasemenea compusi oxigenati asimilati (AOC). Acestia constituie hrana ideala a bacteriilor si pot produce o crestere exponentiala a microorganismelor in conducte. Valoarea MAC este de doar 9 PPM. In procesele de oxidare fotochimica avansata, ozonul este folosit in combinatie cu lumina UV. Deoarece ozonul este o tehnica scumpa si mare consumatoare de energie electrica, se foloseste doar in cazuri extreme daca alte tehnici nu garanteaza buna functionare a procesului de dezinfectie.